Etude de la biodiversité microbienne dans les écosystèmes aquatiques pétroliers

Abstract

Les micro-organismes habitant de nombreux gisements pétroliers sont des multiextrêmophiles capables de survivre dans des environnements ou règne de hautes températures, pressions et salinités. Leurs activités influencent la qualité du pétrole et sont aussi un important réservoir d’enzymes d'intérêts industriels. Afin d’étudier la composition de cette communauté microbienne et évaluer les modifications qui pourraient être causées par les pratiques industrielles, les communautés bactériennes et archéennes présentent dans les eaux de quatre champs pétrolifères algériens ont été décrites et comparées. Trois différents types d'échantillons ont été analysés : les eaux de production de puits touchés par les eaux d’injection, les eaux de production non touchées par les eaux d’injection et des eaux d’injection. Les communautés microbiennes des eaux de production semblent être sensiblement différentes de celles des eaux d'injection. D'un point de vue quantitatif, les eaux d'injection abritaient environ dix fois plus de cellules microbiennes que les eaux de production. Les bactéries dominent dans les eaux d’injection, tandis que les archées dominent dans les eaux de production. L'analyse statistique basée sur l'abondance relative et la composition de la communauté bactérienne (CCB) a révélé des différences significatives entre les eaux de production et les eaux d’injection aussi bien au niveau OTUs0.03 qu’au niveau phylum. Toutefois, aucune différence significative n'a été retrouvée entre les eaux de production touchées ou non touchées par les eaux d’injection, ce qui suggère que la plupart des micro-organismes introduits par l'eau d'injection ont été incapables de survivre dans les eaux de production. En outre, un diagramme de Venn généré pour comparer la CCB d’une eau de production avec son eau d’injection a révélé que seulement 4% des OTUs bactériennes sont communes à ces deux types d’eaux. L'analyse phylogénétique des séquences bactériennes indiquait que Alpha, Beta et Gammaproteobacteria étaient les principales classes retrouvées dans la plupart des échantillons d'eaux. Les séquences d'archées ont été obtenues seulement à partir des eaux de production et chaque puits avait une composition unique en communauté archaeal, appartenant principalement aux classes des Methanobacteria, Methanomicrobia, Thermoprotei et Halobactéries. Plusieurs genres bactériens recensés avaient déjà été rapportés comme dégradeurs de molécules et de polluants organiques complexes. Néanmoins, un grand nombre de séquences de bactéries et d'archées non classées ont été retrouvés dans ces échantillons analysés, ce qui indique que les eaux souterraines des champs pétrolifères pourraient abriter de nouvelles espèces microbiennes non encore décrite jusqu'à l’heure actuelle