Isolement et caractérisation préliminaires de bactéries, halovirus et protozoaires extrêmophiles à partir de biotopes sahariens et subsahariens

Abstract

Les écosystèmes aquatiques hypersalins, chott et sebkha constituent un modèle de choix d’environnements extrêmes abritant une microflore halophile qui se développe aux limites de la vie. Les protozoaires halophiles et les halovirus qui infectent les archées extrêmement halophiles, constituent aussi un groupe important dans ces environnements extrêmes. Les Bacteria et les Archaea halophiles extrêmes dominent les communautés microbiennes trouvées dans ces environnements. Ces microorganismes ont un potentiel biotechnologique représenté dans la production de biomolécules d'intérêt industriel. Le principal objectif de cette étude est d’isoler par des méthodes culturales des souches halophiles extrêmes, protistes halophiles et halovirus à partir d’échantillons d’eaux provenant de 4 sebkhas algériennes différentes. L’analyse physico-chimique des échantillons a montré un pH neutre à légèrement alcalin et une forte salinité. Au total 39 isolats bactériens ont été sélectionnés sur la base de leurs propriétés morphologiques macroscopiques. Sur ce total, 12 souches ont été sélectionnées pour une identification polyphasique combinant une caractérisation phénotypique et moléculaire. Le séquençage et l’analyse des gènes de l’ARNr 16S des souches sélectionnées a révélé que ces dernières sont affilées à 3 familles archéennes différentes et 7 genres différents ; Halobacteriaceae (Haloarcula et Natribaculum), Haloferacaceae (Halorubrum et Haloferax) et Natrialbaceae (Natrinema, Haloterrigena et Halostagnicola). Quant à l’exploitation biotechnologique, des molécules bioactives stables dans des conditions extrêmes, qui ont des applications industrielles multiples s’est révélée positive pour la majorité ces souches. Une diversité des protozoaires halophiles montre 12 formes cellulaires appartenant probablement aux genres ; Cyclidium, Nitzschia, Litonotus, Condylostoma, Euplotes, Cohnilembus, Uronema, Cladotricha, Tachysoma, Condylosrom, Chaenea et Raphidocystis. Tandis que Les résultats des produits PCR analysés obtenus montrent l’absence de génomes halo-viral qui affectes les Archaea dans les cultures analysées