Recherche de certaines souches fongiques antagonistes productrices de molécules bioactives isolées de la rhizosphère de l'olivier et évaluation de leurs potentiels de lutte contre la verticilliose de l’olivier

Abstract

En Agriculture, les agents phytopathogènes sont souvent responsables des dégâts et des pertes agronomiques et économiques considérables sur plusieurs cultures. Les traitements chimiques, bien que nocifs, mais ils restent largement utilisés. Afin de limiter ces maladies, l’utilisation de souches de Trichoderma spp. a montré ses effets antagonistes contre plusieurs espèces de champignons phytopathogènes et leur capacité à contrôler ces maladies et offre des perspectives prometteuses pour une agriculture durable et respectueuse de l’environnement. Une collection de 20 isolats de Trichoderma spp. appartenant à différentes espèces sont été isolés à partir des sols rhizosphériques de l’olivier issus de quatre régions du nord Algérien: Boumerdes, Bouira, Bejaia et Tipaza. Ces dernières ont été identifiées par des moyens phénotypique et moléculaire. L’isolement à partir des branches et rameaux présentant les symptômes caractéristiques de la verticilliose vasculaire de l’olivier ont permis de sélectionner 11 isolats fongiques affiliés à l’espèce V.dahlaie dont 6 espèces sont assignés au pathotype non défoliant alors que le reste composent le pathotype défoliant. La croissance mycélienne des isolats antagonistes de Trichoderma spp. et de phytopathogènes de V. dahlaie a été évaluée dans différentes conditions physico-chmiques. Ces derniers ont montré une croissance optimale sur les milieux organiques spécifiquement le milieu PDA, sous une température de 25°C et à un pH=8 cependant le cycle alternatif de la lumière et d'obscurité (12h de lumière /12h d'obscurité) favorise mieux la croissance mycélienne du V.dahliae. Par ailleurs, les isolats de Trichoderma spp. ont montré une croissance optimale sur le milieu PDA à un pH 5 et à.0.2 M en NaCl les qualifiant d’halotolérants. Des tests ont été menés pour évaluer l’effet antagoniste in vitro de tous les isolats de Trichoderma spp. par confrontation directe, indirecte ainsi que l’effet des filtrats de cultures. Les résultats montrent que tous les isolats de Trichoderma ont une activité antagoniste contre les isolats de V. dahliae. Dans la confrontation directe, les isolats T12 et T9 ont donné les meilleurs pourcentages d’inhibitions moyens de 68.86% et 59.96% respectivement. Cependant, les tests de confrontation indirecte in vitro ont montré une réduction de la croissance radiale comprise entre 55.26 et 65.93%. De même, Les filtrats de culture ont plus ou moins inhibé la croissance mycélienne des isolats de V. dahliae. La plus importante inhibition a été obtenue avec le filtrat T7 qui a montré un pourcentage d’inhibition moyen de 48.15% à la dose 20%. Les souches de Trichoderma spp. possèdent un vaste répertoire de métabolites secondaires et des composés volatiles (VOCs). D’autre part, les activités chitinolytiques et protéolytiques les plus élevées sont obtenues par les deux isolats T2 et T6 avec une activité de 0.043 U/ml et 0.019 U/ml respectivement. Les résultats montrent également la capacité des isolats de Trichoderma de solubiliser le phosphate, de produire l’ammoniaque, de fixer l’azote et de synthétiser des phytohormones telles que l’AIA et l’acide gibbérellique à des degrés différents. La souche T11 a montré une meilleure production d’AIA et d’acide gibbérellique avec une concentration de 21.15 ?g/ml et 7.87µg/ml respectivement. Les analyses par GC-MS et par HPLC ont permis d’identifier de nombreuses molécules possédant des capacités PGP et antifongique. L’essai de biocontrôle effectué sur l’olivier (variété Chemlal) a décelé une efficacité très intéressante de Trichoderma aureoviridae (T2), Trichoderma harzianum (T9) et T. harzianum(T12) à l’égard de V. dahalie. Cette constatation est basée sur la diminution significative de la gravité de la maladie par rapport au témoin (> 67%). Les données enregistrées ont également montré que Trichoderma aureoviridae (T2) à enregistré le pourcentage le plus élevé de réduction de la maladie (83,81%). Cette étude a montré que l’action des souches de Trichoderma testées ne se limite pas seulement à la protection de la plante mais aussi à la stimulation de la croissance de l’olivier.